В составе группы армий «Север» корпус пересёк границу в районе Мемеля и вторгся в Прибалтику, заняв 29 июня Либаву и 3 июля Ригу. После взятия Риги корпус участвовал в наступлении на Ленинград в сентябре 1941 года из Ораниенбаума. В 1942—1943 годах корпус был развёрнут к востоку от кольца блокады вокруг Ленинграда. 19 августа 1942 года Ленинградский фронт предпринял два наступления на Синявино и Тосно, где был сосредоточен XXVI армейский корпус. Русские войска форсировали Неву и создали плацдарм. 27 августа русский Волховский фронт также атаковал, прорвав линию фронта между 223-й и 227-й пехотными дивизиями и выйдя на подступы к Синявино. Вместе с XXX армейским корпусом русские части в Гайтоловском котле были уничтожены. К 24 сентября русские части были окружены. Волховский фронт отошел на исходные позиции 1 октября 1942 года, а Ленинградский фронт последовал за ним 10 октября. 12 января 1943 года корпус, дислоцированный в районе Шлиссельбурга, подвергся наступлению русских с запада и востока. В первый день русского наступления был захвачен небольшой плацдарм на левом берегу Невы у Марьино на участке 170-й пехотной дивизии. На востоке, южнее деревни Липа и по обе стороны Гайтолово, русские части нанесли серьезный удар по 1-й пехотной дивизии и 227-й пехотной дивизии. В результате 96-я стрелковая дивизия была выведена из состава XXVIII армейского корпуса, который располагался южнее него, и переброшена на угрожаемый участок фронта. 18 января 1943 года был потерян Шлиссельбург. В то же время Красной Армии удалось сформировать коридор шириной 8–11 км, установив сухопутную связь с Ленинградом. В начале 1944 года XXVI армейский корпус в результате русского контрнаступления был отброшен к Нарве, где удерживался севернее Чудского озера до лета 1944 года. Развал группы армий «Центр» в конце июня 1944 года потребовал переброски 170-й стрелковой дивизии в район Полоцка и общего отступления к Риге. После потери Риги в сентябре 1944 года 18-я армия оказалась отрезанной в Курляндии. Теперь вакантное общее командование XXVI армейского корпуса было переведено морем в Восточную Пруссию и назначено в 4-ю армию. Первое русское вторжение в Восточную Пруссию началось 16 декабря 1944 года. Фронт XXVI и XXVII армейских корпусов был прорван, а пограничные позиции между Вирбалленом и озером Вистите были потеряны.Южнее Гумбиннена русские прорвались в сектор Ангерапп у Неммерсдорфа. Только контратаки XXXIX армейского корпуса у Голдапа и Гумбиннена смогли восстановить положение. После начала битвы за Восточную Пруссию 13 января 1945 года корпус был развернут вместе с 3-й танковой армией в районе Хазельберг-Шлоссберг и в районе Гумбиннена. Фронт корпуса был прорван русскими войсками через несколько дней, и корпус был вынужден отступить к Инстербургу. В феврале 1945 года корпус, входивший в состав 4-й армии, удерживал позиции южнее Кёнигсберга у Браунсберга и позже был разгромлен в Земландском котле. 16 апреля 1945 года русское наступление на Пейсе прорвало оборонительную линию XXVI армейского корпуса. Корпус был окончательно уничтожен в Хайльсбергском котле.